L’ any 1238, el mateix de la conquesta de la ciutat, va ser dedicada a ermita de Sant Jordi una de les mesquites musulmanes. Després va canviar-la per la Transfiguració del Senyor, i el 1250 tornà a canviar, definitivament, per la del Salvador, perquè va acollir una imatge miraculosa de Crist Crucificat que encara es conserva.
El 1902, en un arranjament diocesà, va perdre la seua parroquialitat, que passà a Santa Mònica. El 2010 es va decretar la cessió de l'ús al Col·legi Major-Seminari de la Presentació de la Benaventurada Mare de Déu al Temple i Sant Tomàs de Villanueva.
L'església actual és el resultat de diverses reformes efectuades al llarg dels segles, especialment la darrera, del segle XIX.
La primera església original va ser ampliada en la segona meitat del segle XIV. D'aquesta època només resta la torre campanar.
Entre els anys 1538 i 1549 es reedificà en gran part, es va ampliar per la capçalera, es construí el cor, l'altar major, la sagristia i l'arxiu. Va ser coberta amb volta de creueria, que potser encara conserva, oculta per la volta neoclàssica, de fet, encara es pot veure el tram de la creueria sobre el cor dels peus.
A instàncies del venerable Domingo Sarrió, es renovà l'interior de l'església amb una decoració barroca entre els anys 1663 i 1666.
Finalment, la decoració interior actual del temple és d'estil neoclàssic, a causa de l'última intervenció duta a terme entre 1826 i 1829, a càrrec de Manuel Fornés i Gurrea, arquitecte acadèmic, que va fer de nou el presbiteri.
De l’obra feta entre 1538 i 1549 només és visible aquesta part per l’exterior, molt desornamentada com correspon al gòtic tardà. La restauració de la façana de l’absis ha descobert algunes restes de gàrgoles ja renaixentistes i una finestra de la suposada antiga cripta.
El temple té dues portades molt senzilles, la del carrer del Salvador és de llinda, amb una cornisa superior amb pinacles bulbiformes que flanquegen una fornícula amb la imatge del Crucificat. La recent restauració ha tret part de la façana barroca, amb pintures de Sant Vicent Ferrer a la dreta i Sant Tomás de Villanueva a l'esquerra que semblen emergir de dos púlpits també pintats, i quatre àngels, dos a cada costat de la portada, amb símbols de la passió de Crist, amb tot el conjunt emmarcat per galons. Aquesta decoració potser és una mostra única de les ara perdudes que hi hagué en altres temples de la ciutat. També ha estat recuperada la policromia original de la part inferior de la portada, d'estil neoclàssic, que era habitual per a decorar i, alhora, donar-li una pàtina de protecció a la pedra. Així, la intervenció ha respectat tant l'estil barroc de la part superior com el neoclàssic de la inferior de la portada, sense predomini d’un sobre l'altre, ja que tots dos formen part de l'evolució constructiva, històrica i artística del temple.
També en aquesta portada la restauració ha descobert el primitiu mur original de la façana, fet de tàpia valenciana, deixant a la vista diversos orificis del moment de la construcció del mur, anomenats metxinals, on s’introduïen les agulles o peces llargues de fusta que suportaven les tapieres, posts grans també de fusta per a fer la tàpia, una mena d’encofrat. Les agulles que ocupaven aquests orificis, a més de suportar les tapieres servien per a pujar a continuar el mur. La neteja de la façana ha deixat altres marques de les diverses intervencions anteriors al llarg del temps.
Ara es pot veure una finestra de grans dimensions tallada en pedra que en algun moment va perdre l’acabament superior en arc apuntat; ha estat recuperda la policromia original de la cornisa, de tons similars a la de la façana lateral, la de la fornícula neoclàssica sobre la portada, originalment blava, i un ull de bou que servia per a il·luminar lateralment l'entrada a la capella de la comunió.
A l'interior és una església de planta rectangular, d'una sola nau amb petites capelles laterals entre contraforts. Està dividida en sis trams i presenta capçalera que visualment sembla recta, encara que és poligonal. El tram més proper als peus, a manera de vestíbul, està separat de la resta per dues columnes que suporten el cor alt, sobre el qual es pot veure l’antiga volta de creueria.
La capçalera poligonal es va construir entre 1538 i 1549, amb una volta de creueria, de la qual cal destacar la incorporació de tercelets corbs a la manera castellana, però ara està oculta per la reforma neoclàsica.
Les columnes exemptes del presbiteri, idèntiques a les de la resta del temple, estan situades fent reculades per tal d’aconseguir un efecte de capçalera recta i ocultar la seua real forma poligonal. Aquestes columnes suporten un entaulament, sobre el qual es desenvolupa un relleu daurat de la Transfiguració del Senyor, antiga advocació de l'església, i dues figures alegòriques sedents que representen la Justícia i l'Esperança, que formen part de l’altar major al centre del presbiteri, on, entre dues columnes corínties hi ha la imatge del Crist.
L'església està ricament decorada amb estucs imitant el jaspi roig en els fusts de les columnes, i amb daurats en els capitells, el fris i en altres punts. Cal destacar les pintures que a manera de plafons se situen en el centre de la volta. Les de la nau van ser fetes per Vicente Castelló i Amat, són cinc escenes de la Passió. Al presbiteri, Francisco Llácer Valdermont va pintar el Pare Etern entre núvols. Totes aquestes pintures es van realitzar entre 1828 i 1829.
Al tram dels peus, pel costat de l'epístola, hi ha la capella de la Comunió, de planta rectangular, dividida en dos espais per un arc faixó. Va ser feta al segle XVII i reformada un segle més tard. La volta rebaixada de la coberta va ser pintada al fresc per Vicente López amb una representació de la Mare de Déu i els doctors de l'Església; no es conserva tota l’obra original, perquè una gran part va ser repintada després de la guerra.
El seu origen és llegendari i miraculós. Segons diu la tradició, l’any 1250, regnant encara Jaume I i essent bisbe de València fra Andreu d'Albalat, aquesta imatge de Jesús crucificat, que hauria estat llançada al mar pels sarraïns de Beirut, travessà el Mediterrani, vingué surant contra el corrent del riu i es va aturar davant la porta dels Catalans de la muralla, en un lloc pròxim a l’actual pont de la Trinitat, d’on va ser rescatada de les crescudes aigües del Turia i va ser traslladada a la propera capella de Sant Jordi, anomenada del Salvador des de llavors. Arribà sense el braç dret, que se li féu de nou després.
Aquesta llegenda popular sobre l'arribada a València del Crist del Salvador va quedar reflectida, segons Orellana, en el llenç que va pintar Vicente Salvador Gómez, per a cobrir el nínxol de la imatge en el retaule major de l'església, després de la renovació barroca del temple, el qual va ser retirat en la reforma neoclàssica. Aquesta obra s’ha perdut, però es conserva l'esbós al Museu de Belles Arts, gràcies a la donació Orts-Bosch.
A banda i banda del presbiteri existien dos grans llenços pintats per Juan Conchillos que narraven passatges de la història del Crucifix, i que es mantingueren en la reforma neoclàssica, però van ser destruïts el 1936; es conserva l’esbós preparatori d'un d'ells en una col·lecció particular madrilenya. El buit deixat pels llenços de Conchillos permet veure la fina decoració daurada del mur feta en la reforma barroca anterior a la neoclàssica.
Artísticament, aquesta imatge, amb deu pams de llargària -prop de tres metres d'altura- i 300 quilograms de pes, feta en fusta de noguera i policromada, coberta amb un drap de puresa fins als genolls, amb el peu dret creuat sobre l’esquerre d’una manera forçada, cal inserir-la en la transició del romànic al gòtic, cap al segle XIII. Té el cap acotat cap a la dreta, el coll una mica descentrat en relació amb els muscles, i el cos inclinat també cap a la dreta; per açò, el braç dret que li mancava i va ser reconstruït, calgué fer-lo més llarg que l’esquerre per tal d'adaptar-lo a la creu; potser es tracta de la principal figura d’un davallament, que tindria el braç dret (el perdut, i refet clavat en la creu) desclavat i en posició vertical, cap a terra, amb la qual cosa no es donaria la dislocada postura actual del Crucificat.
En la part posterior de la figura existeixen tres buits, actualment coberts per a no enlletgir la imatge quan està exempta, els quals han donat lloc a múltiples interpretacions sobre la seua finalitat.
Una recent restauració va refer en fusta l’encaix del braç dret, eliminà tots els elements metàl·lics aliens a l'obra, i els vernissos acolorits i oxidats que abans la feien veure quasi negra, finalment, un estucat i anivellat de les llacunes i mancances, i la reintegració de la policromia amb aquarel·les discernibles de l'original, va tornar a la imatge el seu aspecte primitiu.
